Η Έφη Φουντουλάκη γεννήθηκε στο Ηράκλειο της Κρήτης το 1950. Σπούδασε Αρχαιολογία στη Φιλοσοφική Σχολή του Πανεπιστημίου Κρήτης. Το 1988 ολοκλήρωσε τη διδακτορική της διατριβή στην Ιστορία της Τέχνης στο Πανεπιστήμιο Paris I – Panthéon – Sorbonne, ως υπότροφος του γαλλικού κράτους.
Ήταν μέλος της τριμελούς οργανωτικής επιτροπής της έκθεσης και του διεθνούς συνεδρίου για τα 450 χρόνια από τη γέννηση του Δομήνικου Θεοτοκόπουλου (Ηράκλειο, 1990). Δίδαξε το μάθημα της Ιστορίας της Τέχνης στο Πανεπιστήμιο Κρήτης, στο Πανεπιστήμιο Πατρών, στην Ανώτατη Σχολή Καλών Τεχνών Αθηνών και στο Ελληνικό Ανοικτό Πανεπιστήμιο.
Από το 1999 έως το 2018 δίδαξε ως Επίκουρος καθηγήτρια στο Πάντειον Πανεπιστήμιο (Τμήμα Επικοινωνίας, Μέσων και Πολιτισμού), στο προπτυχιακό και το μεταπτυχιακό πρόγραμμα σπουδών.
Άρθρα της έχουν δημοσιευτεί σε περιοδικά και πρακτικά συνεδρίων. Έχει δημοσιεύσει μια μελέτη για το έργο του Θωμά Φανουράκη στο βιβλίο Θ. Φ. : Ζωγραφική (εκδ. Δήμος Ηρακλείου, 2002) και είναι συγγραφέας του βιβλίου Επαναφορά στον Greco (1η έκδοση: 1998, Βικελαία Βιβλιοθήκη Δήμου Ηρακλείου, Ηράκλειον, 2η έκδοση: 2005, Νεφέλη, Αθήνα).
